An imaging apparatus and an endoscope system which can be miniaturized and excellent in light shielding property and accuracy are provided. An image pickup apparatus 100 of the present invention includes an objective optical system 40 and a prism 41 for collecting incident light, an image pickup having a light receiving section for receiving electric signals from the prism 1 and generating electric signals by photoelectric conversion The element 50, the objective optical system 40, the prism 41, and the image pickup element 50, part of which is bent or bent so as to be in contact with the side surface of the prism 41, the lateral direction of the prism 41, or the objective optical system And a flexible printed circuit board 51 for shielding light incident from between the imaging element 50 and the imaging element 50.小型化可能であるとともに、遮光性および精度に優れる撮像装置、および内視鏡システムを提供する。本発明の撮像装置100は、入射光を集光する対物光学系40およびプリズム41と、プリズム1から入射された光を受光して光電変換を行うことにより電気信号を生成する受光部を有する撮像素子50と、対物光学系40およびプリズム41と撮像素子50との間に配置され、一部がプリズム41の側面と接するように折れ曲がる、または撓んだ、プリズム41の側面方向、または対物光学系40と撮像素子50との間から入射する光を遮光するフレキシブルプリント基板51と、を備えたことを特徴とすることを特徴とする。