Methods and systems are presented that allow for the selection of tumor neoepitopes that are used to generate optimized recombinant polytopes for proper trafficking and processing. In preferred methods, the polytope is encoded in a viral expression system used as a therapeutic.적절한 트래피킹(trafficking)과 프로세싱(processing)을 위해 최적화된 재조합 폴리토프(polytope)를 생성시키는데 사용되는 종양 네오에피토프(tumor neoepitope)들의 선택을 허용하는 방법 및 시스템이 제시된다. 바람직한 방법들에서, 폴리토프는 치료제로서 사용되는 바이러스성 발현 시스템에서 인코딩된다.