本发明公开了一种针对NFAT3基因靶点的短发卡RNA、重组载体及应用,所述基因靶点的序列如SEQ ID NO:3所示,所述RNA的正义链序列如SEQ ID NO:1所示,所述RNA的反义链序列如SEQ ID NO:2所示。针对NFAT3基因靶点设计了短发卡RNA序列,并构建了相应的重组载体,该重组载体能在宿主细胞内转录得到NFAT3‑shRNA,经宿主细胞加工后可生成小分子干扰RNA,并靶向NFAT3的信使RNA,降低NFAT3的表达,导致基因沉默效应,有效抑制黑色素瘤细胞的增殖,具有抗癌应用价值,为进一步研究NFAT3在皮肤癌细胞中的功能及靶向NFAT3的药物研发提供了基础。