本发明提供一种适用中药方剂(Traditional Chinese Medicine Herbs,以下简称TCMF)网络的基于共近邻相似三角形凝聚的层次重叠社区发现方法,包括如下步骤:1)共近邻相似三元组凝聚阶段a寻找所有三元组;b对任意两个三元组计算相似度;c给定三元组的相似度阈值,合并相似度高于相似度阈值的三元组对作为初始社区;d结束;2)簇合并阶段a计算任意两个初始社区的距离;b定初始社区距离阈值,合并距离小于距离阈值的两个初始社区;c结束。本发明的基于TCMF网络的层次重叠核心药群发现方法为TCMF网络发现提供了一种新的方法,该方法通过三个参数α,β,γ的设定能挖掘TCMF网络的高重叠及层次药群社区结构,为方剂配伍中核心药群发现提供了解决方案。