本发明“用于鉴别烟草尼古丁含量高低的分子标记Nicotine Associated SNP 1及其试剂盒与应用”属于分子生物学技术领域。所述分子标记Nicotine Associated SNP 1为位于烟草基因组版本Nitab v4.5Genome Scaffolds Edwards2017的第0002539号基因组片段第95304位的SNP位点Nitab4.5_0002539:95304A/G。本发明可100%准确地鉴别筛选尼古丁含量高低的烟草种质资源,筛选得到的烟草材料可不经转基因方法,直接用于选育新的烟草品种。