本发明公开了一种表达葡萄糖氧化酶的低聚果糖合成工程菌株，是基因组中含有融合基因gox‑fopA‑C的工程菌；其中，所述工程菌株的出发菌是黑曲霉ATCC 20611，融合基因gox‑fopA‑C是葡萄糖氧化酶GOX编码基因gox与β‑呋喃果糖苷酶FopA‑C端结构域编码基因fopA‑C融合获得，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，其上游为构巢曲霉的三磷酸甘油醛脱氢酶启动子PgpdA，下游为构巢曲霉色氨酸终止子TtrpC。本发明还公开了所述工程菌在制备低聚果糖中的应用，实验证实：该工程菌葡萄糖氧化酶活力达到90.0U/g，β‑呋喃果糖苷酶活力达到380U/g，菌丝体直接用于制备低聚果糖，其含量达到71.2％。本发明操作简便，可实现菌丝体一步酶法制备较高纯度的低聚果糖，具有较好的工业应用价值。
