本发明公开了乙型脑炎病毒E蛋白中和性B细胞抗原表位多肽,还公开了该抗原表位多肽在防治和诊断乙型脑炎病毒中的用途,属于分子免疫学领域。本发明所述的抗原表位多肽的氨基酸序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。本发明JEVE蛋白中和性B细胞抗原表位多肽作为免疫原或疫苗免疫动物机体后能够产生针对乙型脑炎病毒的中和性抗体,并能够在体内或体外中和乙型脑炎病毒,阻止病毒感染动物机体。将本发明抗原表位多肽与载体连接或自身连接或相互连接,能够免疫动物,在免疫动物后产生的抗多肽抗体或抗乙型脑炎病毒抗体能够在体内外中和乙型脑炎病毒并产生免疫保护。