The present invention relates to a novel Bacillus amyloliquefaciens strain and a microorganism preparation for controlling the germplasm of Root Rot of Ginseng. More particularly, the present invention relates to a Bacillus amyloliquefaciens AK- 0 strain as an active ingredient. The present invention also relates to a microorganism preparation for controlling ginseng root rot disease. The antagonistic microorganism Bacillus amyloliquefaciens strain AK-0 according to the present invention is effective in effectively inhibiting the growth of causative bacteria of root rot of ginseng and inhibiting the growth of the above pathogenic pathogens.본 발명은 신규의 바실러스 아밀로리퀴파시엔스 균주 및 이를 포함하는 인삼 뿌리썩음병원균 방제용 미생물 제제에 관한 것으로, 보다 상세하게는 인삼 뿌리썩음병원균에 대하여 길항작용을 갖는 바실러스 아밀로리퀴파시엔스 AK-0 균주를 유효성분으로 포함하는 인삼 뿌리썩음병원균 방제용 미생물 제제에 관한 것이다. 본 발명에 따른 길항 미생물 바실러스 아밀로리퀴페시언스 균주 AK-0은 인삼 뿌리썩음병 원인균의 생장을 효과적으로 저해하고, 또한 지상부 병원균의 생장을 저해하는 데 효과적이다.