本发明公开了一种紫花苜蓿MYB转录因子及其耐铝毒应用,涉及植物基因工程领域,所述MYB转录因子来源于紫花苜蓿品种WL525,命名为MsMYB741转录因子,所述MsMYB741转录因子的氨基酸序列为如序列SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列,或所述序列SEQ ID NO:2的衍生氨基酸序列、且所述衍生氨基酸序列编码的蛋白质具有MYB转录因子特性;还提供了编码所述MYB转录因子的编码基因,所述编码基因的核苷酸序列为如序列SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,或所述序列SEQ ID NO:1的同源序列、衍生核苷酸序列。本发明提供的MsMYB741转录因子的编码基因在构建表达载体、培育耐铝毒性转基因植物体方面取得了显著的效果,为改良植物的抗逆性、尤其是培育耐铝毒紫花苜蓿品种提供了依据,具有十分重要的应用价值。