本发明公开了一种紫花苜蓿WL525聚半乳糖醛酸酶MsPG1及其编码基因与应用,涉及植物基因工程技术领域,所述聚半乳糖醛酸酶MsPG1包括如氨基酸序列SEQ ID NO:2所示的多肽,所述多肽的变异形式多肽,以及所述蛋白MsLEA‑D34的活性片段、活性衍生物,并提供了所述聚半乳糖醛酸酶MsPG1的编码基因,包括如核苷酸序列SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,所述核苷酸序列SEQ ID NO:1的简并序列、变异序列,以及能与所述核苷酸序列SEQ ID NO:1杂交的序列。本发明利用基因工程技术实现了MsPG1转基因植株的培育,显著提高了植株的耐铝毒性,为紫花苜蓿耐铝毒新品种的培育和育种工作提供了重要的理论依据,具有很大的应用价值。