본 발명은 엔진의 연소실에서 연료가 연소된 후 배출되는 배기가스가 촉매를 통과하면서 배기가스 중의 유해가스가 저감되도록 엔진을 제어하되, 엔진이 특정한 부하 이상의 위험운전영역에서 특정한 시간 이상 한 지점에서 연속으로 운전되는 경우, 미리 설정된 시간 동안 엔진의 현재 운전영역보다 낮은 부하 및 낮은 회전수 중 어느 하나 이상의 운전영역으로 변경하여 엔진을 운전한 후 다시 원래의 운전영역으로 복귀하여 엔진을 운전하도록 제어하여, 촉매의 산소저장능력을 회복시켜 배출가스의 정상화를 이룰 수 있는 저공해 산업용 엔진 시스템 및 이를 포함하는 시설 원예 시스템과 엔진 제어 방법에 관한 것이다.