本发明公开了一种与烟草TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记及其应用,所述的与烟草TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TM508‑007和TM508‑118,其扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。所述的应用为所述的与烟草TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在烟草抗TMV病基因N中的应用。本发明所述的共显性SSR标记具有稳定、可靠、简便、快捷和低成本的特点,因此该分子标记可以作为烟草TMV病抗病育种中N基因分子标记辅助选择的应用。