本发明公开了3′‑RACE接头引物及3′端未知基因序列的扩增方法。其中3′‑RACE接头引物具有由茎柄区、茎环区和PolyA结合区构成的茎环结构；茎柄区和茎环区具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；PolyA结合区设计15个、16个、17个、18个、19个或20个连续的胸腺嘧啶。本发明的3′‑RACE接头引物两段茎柄区序列碱基互补，形成茎环的柄部。柄部的碱基堆积使引物的稳定性增加，提高了逆转录效率。其双链结构和自身互补形成茎环构象，可避免逆转录引物与目的RNA模板发生杂交，减少背景干扰。在3′‑RACE接头引物茎环区还特别插入较多G/C碱基，提高其退火温度，减少PCR非特异性扩增。
