This medical treatment assistance system is provided with: a multi-joint robot (32) having a multi-joint arm in which multiple arms are connected via joints and a robot control unit (50). The robot control unit specifies a position of interest that indicates the position of a site of a patient where a medical treatment is to be performed (S130), and further specifies an arm motion state that represents the trajectory of the multi-joint arm in the medical treatment and the movable range of the multi-joint arm in the medical treatment (S140). Then, the robot control unit specifies a reference arrangement position at which a base point, which is a reference point for the motion of the multi-joint arm, is set on the basis of the relative positional relationship between the specified site of interest and the arm motion state so that a smooth movement state in which the multi-joint arm of the multi-joint robot can smoothly move is ensured in the medical treatment (S150).Linvention concerne un système daide au traitement médical comprenant : un robot à articulations multiples (32) muni dun bras à articulations multiples dans lequel des bras multiples sont raccordés par lintermédiaire darticulations et une unité de commande de robot (50). Lunité de commande de robot spécifie une position dintérêt qui indique la position dune zone dun patient où un traitement médical est à effectuer (S130), et spécifie en outre un état de mouvement de bras qui représente la trajectoire du bras à articulations multiples dans le traitement médical et la plage mobile du bras à articulations multiples dans le traitement médical (S140). Ensuite, lunité de commande de robot spécifie une position dagencement de référence selon laquelle un point de base, qui est un point de référence pour le mouvement du bras à articulations multiples, est réglé sur la base de la relation de position relative entre la zone dintérêt spécifiée et létat de mouvement du bras de sorte quun état de mouvement régulier, da