The invention provides methods and compositions for breeding pepper (Capsicum sp. such as Capsicum annuum) lines, including isogenic and nearly isogenic lines, displaying one or more mature fruit color(s) of interest. Predictive genetic markers and associated sequences and primers, associated with phenotypic diversity at the Ccs locus encoding Capsanthin-Capsorubin Synthase, and the Ze locus encoding Zeaxanthin Epoxidase are also provided, as well as methods for breeding pepper lines. Further provided are pepper plants, and plant parts including seeds, seed mixtures, fruit, and packaged fruit, which display mature fruit color(s) of interest.L'invention concerne des procédés et des compositions pour l'amélioration génétique de lignées de piment ( Capsicum sp. comme Capsicum annuum ), comprenant des lignées isogéniques et presque isogéniques, présentant une ou plusieurs couleur(s) d'intérêt de fruit à maturité. Des marqueurs génétiques prédictifs et des séquences et des amorces associées, liés à la diversité phénotypique au locus Ccs codant la Synthase Capsanthine-Capsorubine, et au locus Ze codant pour la zéaxanthine époxydase sont également fournis, ainsi que des procédés pour l'amélioration génétique de lignées de piment. L'invention concerne en outre des plants de piment, et des parties de plantes comprenant les graines, les mélanges de graines, les fruits, et les fruits emballés, qui présentent une ou des couleur(s) d'intérêt de fruit à maturité.
