To provide an auxiliary artificial heart system and blood pump controller which apply a less load to a user and have high portability.SOLUTION: An auxiliary artificial heart system comprises: a blood pump 400 which is used while supplying a cool seal liquid L1 to a gap 454 between first and second slide surfaces 411, 421 in a state of bringing the first slide surface 411 into contact with the second slide surface 421; a first sub controller 100 including a first cool seal liquid reservoir 110, a cool seal liquid pump 120, a first pipe joint upstream side 221a and fourth pipe joint downstream side 224b; and a second sub controller 200 including a blood pump drive circuit 250, a battery 260, a first pipe joint downstream side 221b, a second pipe joint upstream side 222a, a third pipe joint downstream side 223b and a fourth pipe joint upstream side 224a. The first and second sub controllers 100, 200 can be mutually separated and joined by detachment/attachment of the first pipe joint 221 and fourth pipe joint 224.SELECTED DRAWING: Figure 3【課題】使用者への負担が小さく、可搬性の高い補助人工心臓システム及び血液ポンプ用コントローラを提供する。【解決手段】 第1摺動面411及び第2摺動面421を当接させた状態で、第1摺動面411及び第2摺動面421の間の間隙454にクールシール液L1を供給しながら使用する血液ポンプ400と、第1クールシール液リザーバ110、クールシール液ポンプ120、第1管継手上流側221a及び第4管継手下流側224bを含む第1サブコントローラ100と、血液ポンプ駆動回路250、バッテリ260、第1管継手下流側221b、第2管継手上流側222a、第3管継手下流側223b及び第4管継手上流側224aを含む第2サブコントローラ200と、を備え、第1サブコントローラ100と第2サブコントローラ200とが、第1管継手221及び第4管継手224が脱着されることにより相互に切り離し及び結合が可能となっている。【選択図】図3