At the timing that the user such as a doctor does not want, the processing load is suppressed, and processing such as determination is automatically executed at an appropriate timing that the user such as a doctor wants, and information contributing to diagnosis is obtained. Provided are an endoscope system, a processor device, and an operation method of the endoscope system that can be obtained. The endoscope system (10) includes an image acquisition unit (54), a determination processing unit (82), and a determination processing control unit (83). The image acquisition unit (54) acquires an endoscope image of the observation target using the endoscope (12). The discrimination processing unit (82) performs a discrimination process using the endoscope image to discriminate a portion having a specific feature in the observation target. The discrimination processing control unit (83) controls the start or end of the discrimination processing based on a change in the operation of the endoscope (12) or the endoscope image.医師等のユーザが望まないであろうタイミングにおいては処理負荷を抑え、かつ、医師等のユーザが望むであろう適切なタイミングで判別等の処理を自動的に実行して、診断に資する情報を取得し得る内視鏡システム、プロセッサ装置、及び、内視鏡システムの作動方法を提供する。 内視鏡システム（１０）は、画像取得部（５４）と、判別処理部（８２）と、判別処理制御部（８３）と、を備える。画像取得部（５４）は、内視鏡（１２）を用いて観察対象を撮像した内視鏡画像を取得する。判別処理部（８２）は、内視鏡画像を用いて判別処理をすることにより、観察対象における特定の特徴を有する部分を判別する。判別処理制御部（８３）は、内視鏡（１２）の動作の変化または内視鏡画像に基づいて、判別処理の開始または終了を制御する。
