The present invention provides a method for manufacturing a non-soluble drug nanocomplex which is able to solubilize the non-soluble drug, more specifically provides a method for manufacturing a nanocomplex of a non-soluble drug and apolipoprotein with high yield.본 발명은 난용성 약물을 가용화할 수 있는 난용성 약물 나노복합체의 제조방법을 제공하는 것이며, 구체적으로 본 발명은 난용성 약물 및 아포리포단백질의 나노복합체를 높은 수율로 제조할 수 있는 제조방법을 제공한다.