Disclosed are a method and a system for extracting a hippocampus by assembling a map-based segmentation and a morphological computation and applying to a graph-cut algorithm. The method for extracting a hippocampus area from an input image includes the following steps of: matching the input image with a template image; generating a partial volume image about a gray matter tissue, a white matter tissue, and a brain spinal cord based on the matched input image; matching the matched input image with the map of the hippocampus in a nonlinear way and separating the image of the hippocampus area from the nonlinearly matched input image; generating a foreground image and a background image about the image of the hippocampus area based on the image of the hippocampus area which is separated from the generated partial volume image and the matched input image; and extracting the hippocampus area using the graph-cut algorithm based on the generated foreground and background images. [Reference numerals] (AA) Start; (BB) End; (S110) Match an input image with a template image; (S120) Generate PVE maps using an ANN algorithm based on the matched image; (S130) Separate a hippocampus area from the matched image using a map-based segmentation method; (S140) Generate a foreground image and a background image based on the PVE maps and the map-based segmentation result; (S150) Extract the hippocampus area using a graph-cut algorithm based on the foreground and background images맵 기반 분할 방법과 모폴로지 연산을 조합하여 그래프 컷 알고리즘에 적용시켜 해마를 추출하는 방법 및 시스템이 개시된다. 입력 이미지에서 해마(hippocampus) 영역을 추출하는 방법은 상기 입력 이미지를 탬플릿 이미지에 정합하는 단계, 상기 정합된 입력 이미지를 기초로 회백질 조직, 백질 조직 및 뇌척수 조직에 대한 부분 볼륨 이미지를 생성하는 단계, 상기 정합된 입력 이미지에 해마의 맵을 비선형 정합하고 상기 비선형 정합된 입력 이미지로부터 해마 영역의 이미지를 분할하는 단계, 상기 생성된 부분 볼륨 이미지와 상기 정합된 입력 이미지로부터 분할된 해마 영역의 이미지를 기초로 상기 해마 영역의 이미지에 대한 전경 이미지와 배경 이미지를 생성하는 단계 및 상기 생성한 전경 이미지와 배경 이미지를 기초로 그래프 컷 알고리즘을 이용하여 상기 해마 영역을 추출하는 단계를 포함할 수 있다.