本发明提供了一种来自冬虫夏草中国被毛孢参与水解大分子蛋白质生成小分子蛋白质的丝氨酸蛋白酶、编码基因及其应用。所述丝氨酸蛋白酶氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,编码基因如SEQ ID No.1所示。本发明从原理上对丝氨酸蛋白酶在中国被毛孢侵染蝙蝠蛾幼虫的过程进行了详细研究,提供了“百令”生产菌冬虫夏草中国被毛孢参与侵染机制机理的丝氨酸蛋白酶及其编码基因,本发明所提供的核苷酸序列的克隆DNA可以用来通过转导、转化、结合转移的方法转入工程菌中,通过调节蛋白水解酶基因的表达,赋予宿主丝氨酸蛋白酶的高表达性,为扩大丝氨酸蛋白酶的生物应用提供了有效途径,具有重大应用前景。