本发明属于分子生物学技术领域,具体的说是一种三疣梭子蟹Pacifastin型丝氨酸蛋白酶抑制剂PtPLC基因及其编码蛋白和应用。三疣梭子蟹PtPLC基因为序列表SEQ ID No.1中的碱基序列所示。重组的PtPLC蛋白对牛胰蛋白酶和牛α-胰凝乳蛋白酶具有显著的抑制活性。当重组蛋白PtPLC浓度为1μM、2μM、3μM时,对牛胰蛋白酶的抑制活性分别为88.73%、90.73%和97.18%;当重组蛋白浓度为2μM、3μM时,对牛α-胰凝乳蛋白酶的抑制活性达到31.1%和99.69%。本发明在药物开发和饲料添加剂生产等方面具有潜在的应用价值,为三疣梭子蟹的病害防治和基因辅助选育奠定基础。