本发明属于植物基因工程领域,公开了水稻CYC U2;1基因在控制水稻中胚轴发育中的应用,申请人发现CYC U2;1(Os04g46660)特异在水稻中胚轴表达,其CDS序列为SEQ ID NO.2所示,编码的氨基酸序列为SEQ ID NO.3所示。本发明还提供了该基因的启动子序列,其序列为SEQ ID NO.1所示。将CYC U2;1的启动子和全长CDS克隆到pCAMBIA1301上,转入日本晴中,所获得的转基因系均表现为中胚轴长度比野生型要长,因此通过基因工程技术提高或减弱CYC U2;1基因的表达量能够控制植物中胚轴发育,从而改善植物株型提高种子直播后的出土能力。