The present invention relates to an underwater harvesting system (1) for harvesting zooplankton or mesoplagic fishes, comprising an underwater vehicle (2) for being lowered into the sea and towed behind a surface vessel (3), comprising a housing (21) provided with an inlet (22) through which zooplankton-containing-fluid may flow; a hose (4) mounted on the underwater vehicle and in fluid communication with the inlet, the hose being adapted to secure and fluidly connect the underwater vehicle to the surface vessel; and pumping means for drawing in a zooplankton-containing-fluid through the inlet in the underwater vehicle and for pumping the zooplankton-containing-fluid through the hose to the surface vessel. The invention further relates to a method for harvesting zooplankton or other marine organisms.La présente invention concerne un système de récolte sous-marin (1) permettant de récolter du zooplancton ou des poissons infrapélagiques, comprenant un véhicule sous-marin (2) destiné à être abaissé dans la mer et remorqué derrière un navire de surface (3), comprenant un logement (21) pourvu d'une entrée (22) à travers laquelle peut s'écouler un fluide contenant du zooplancton ; un tuyau (4) monté sur le véhicule sous-marin et en communication fluidique avec l'entrée, le tuyau étant conçu pour fixer et relier de manière fluidique le véhicule sous-marin au navire de surface ; et des moyens de pompage destinés à aspirer un fluide contenant du zooplancton à travers l'entrée dans le véhicule sous-marin et à pomper le fluide contenant du zooplancton à travers le tuyau dans le navire de surface. L'invention concerne en outre un procédé permettant de récolter du zooplancton ou d'autres organismes marins.