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IDENTIFICATION DE NÉO-ANTIGÈNES AU MOYEN DE POINTS CHAUDS
专利权人:
Inc.;Gritstone Oncology
发明人:
申请号:
EP18866639.0
公开号:
EP3694532A1
申请日:
2018.10.10
申请国别(地区):
EP
年份:
2020
代理人:
摘要:
A method for identifying neoantigens that are likely to be presented on a surface of tumor cells of a subject. Peptide sequences of tumor neoantigens are obtained by sequencing the tumor cells of the subject. The peptide sequence of each of the neoantigens is associated with one or more k-mer blocks of a plurality of k-mer blocks of the nucleotide sequencing data of the subject; The peptide sequences and the associated k-mer blocks are input into a machine-learned presentation model to generate presentation likelihoods for the tumor neoantigens, each presentation likelihood representing the likelihood that a neoantigen is presented by an MHC allele on the surfaces of the tumor cells of the subject. A subset of the neoantigens is selected based on the presentation likelihoods.L'invention concerne un procédé permettant d'identifier des néo-antigènes susceptibles d'être présentés sur une surface de cellules tumorales chez un individu. Des séquences peptidiques de néo-antigènes tumoraux sont obtenues par séquençage des cellules tumorales de l'individu. La séquence peptidique de chacun des néo-antigènes est associée à au moins un bloc k-mère d'une pluralité de blocs k-mères des données de séquençage nucléotidique de l'individu ; les séquences peptidiques et les blocs k-mères associés sont entrés dans un modèle de présentation appris par machine pour générer des probabilités de présentation pour les néo-antigènes tumoraux, chaque probabilité de présentation représentant la probabilité qu'un néo-antigène soit présenté par un allèle CMH sur les surfaces des cellules tumorales de l'individu. Un sous-ensemble des néo-antigènes est sélectionné en fonction des probabilités de présentation.
来源网站:
中国工程科技知识中心
来源网址:
http://www.ckcest.cn/home/

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