An IBTL system with a low GHG footprint for converting biomass to liquid fuel, where the biomass feedstock is converted to liquid by direct liquefaction, and the liquid is upgraded to produce premium fuel. Biomass residues from direct liquefaction, and optionally additional biomass, include structured biochar, hydrogen for the liquefaction and upgrade process, and algae including cyanobacteria (Cyanobacteria) in a photobioreactor (PBR) It is pyrolyzed to produce CO2 for conversion. The produced algae and diazotroph microorganisms are used to produce biofertilizers that also contain structured biochar. Structured biochar is a nucleating agent for algae in PBR, as an absorbent for absorbing minerals from biomass raw materials for direct liquefaction or from liquids produced thereby, and in biofertilizers Functions as a water retention agent.バイオマス原料が直接液化によって液体に転換され、前記液体は高級燃料を製造するためにアップグレードされる、バイオマスを液体燃料に転換させるための低GHGフットプリントを有するIBTLシステム。直接液化からのバイオマス残留物、および任意選択的に追加のバイオマスは、構造化バイオ炭、液化およびアップグレードする工程のための水素ならびに光バイオリアクター(PBR)内で藍藻類(シアノバクテリア)を含む藻類へ転換させるためのCO2を製造するために熱分解される。製造された藻類およびジアゾトロフ微生物は、構造化バイオ炭もまた含有する生物肥料を製造するために使用される。構造化バイオ炭は、PBR内の藻類のための核形成剤、直接液化のためのバイオマス原料から、またはそれにより製造された液体から無機物を吸収するためのとして吸収剤として、および生物肥料中の保水剤として機能する。