An IBTL system having a low GHG footprint for converting biomass to liquid fuels in which a biomass feed is converted to liquids by direct liquefaction and the liquids are upgraded to produce premium fuels. Biomass residues from the direct liquefaction, and optionally additional biomass is pyrolyzed to produce structured biochar, hydrogen for the liquefaction and upgrading, and CO2 for conversion to algae, including blue green algae (cyanobacteria) in a photobioreactor (PBR). Produced algae and diazotrophic microorganisms are used to produce a biofertilizer that also contains structured biochar. The structured biochar acts as a nucleation agent for the algae in the PBR, as a absorption agent to absorb inorganics from the biomass feed to direct liquefaction or from the liquids produced thereby, and as a water retention agent in the biofertilizer.L'invention porte sur un système intégré de conversion de biomasse en liquides (IBTL) ayant une faible empreinte GES pour la conversion de biomasse en carburants liquides, selon lequel une charge de biomasse est convertie en liquides par liquéfaction directe et les liquides sont valorisés pour produire des carburants de haute qualité. Des résidus de biomasse provenant de la liquéfaction directe, et éventuellement de la biomasse supplémentaire, sont pyrolysés pour produire du biocharbon structuré, de l'hydrogène destiné à être liquéfié et valorisé et du CO2 destiné à être converti en algues, notamment en algues bleu-vert (cyanobactéries) dans un photobioréacteur (PBR). Les algues produites et des microorganismes diazotrophiques sont utilisés pour produire un biofertilisant qui contient également du biocharbon structuré. Le biocharbon structuré sert d'agent de nucléation pour les algues dans le PBR, comme agent d'absorption pour absorber des composés inorganiques provenant de la charge de biomasse vers la liquéfaction directe ou des liquides produits de cette manière et comme agent de rétention d'eau dans le biofertilisant.