The present invention relates to a vegetable cultivation system linked to fish farming and an operating method thereof. The cost-efficient and eco-friendly vegetable cultivation system controls the vegetable cultivation environment including the temperature, humidity, nutrition, and optical conditions needed for cultivating vegetables in a self-initiated manner to enhance user convenience and is linked to a fish farming apparatus to utilize the waste generated from fish farming to cultivate the vegetables. According to the present invention, the system for cultivating fish and vegetables at the same time includes: a fish farming unit; a vegetable cultivation unit; a unit for linking the fish farming unit and the vegetable cultivation unit to filter out the nutrients needed for cultivating vegetables from the waste generated by the fish farming unit and provide the nutrients to the vegetable cultivation unit; and a control unit for controlling control factors for providing a cultivating environment in the vegetable cultivation unit while controlling a cultivating environment in the fish farming unit.본 발명은 채소재배에 필요한 온도, 습도, 영양분, 광조건 등의 채소 생육을 위한 환경을 자체적으로 제어하여 사용자 편의성을 강화할 수 있음과 동시에, 양어생육장치와 연계시켜 이로부터 발생하는 노폐물을 식물생육에 활용할 수 있어 경제적이고 친환경적인 양어 연계형 채소재배 시스템 및 그의 운용 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 물고기와 채소를 동시에 양육하기 위한 시스템으로서, 양어부; 식물재배부; 상기 양어부에서 발생하는 노폐물로부터 식물재배에 필요한 영양소를 걸러내어 상기 식물재배부로 제공하기 위한 양어부-식물재배부 연계부; 및 상기 양어부의 양육 환경을 위한 제어 및 상기 식물재배부의 생육 환경을 제공하기 위한 제어인자를 제어하기 위한 제어부;를 포함하는 양어 연계형 채소재배 시스템이 제공된다.