本发明一种杜氏藻八氢番茄红素脱氢酶基因启动子及其应用。本发明的杜氏藻八氢番茄红素脱氢酶基因启动子的基因序列如SEQ ID NO:1所示。本发明从杜氏藻中克隆得到八氢番茄红素脱氢酶的启动子可应用于杜氏藻等微藻的基因的启动,区别于常见的CaMV35s通用启动子,真正实现杜氏藻内源启动的转化,该启动子经过验证能够实现外源基因瞬时表达的效果。本发明的启动子还可应用于八氢红素脱氢酶启动子调控因子的研究。同时本实验优化的电击转化方法,相对于Yu Sun等的电转杜氏藻属的方法,电转效率更高。经过优化后的转化效果,视野中的绿色荧光蛋白比没有经过优化的绿色荧光蛋白量增加了,说明其转化效率有了很大提高。