Disclosed are a complex system capable of bacteria detection and sterilization comprising a microbial fuel cell and a method for operating the same. The complex system capable of bacteria detection and sterilization comprising a microbial fuel cell comprises a bacteria detection part formed inside a water treatment device, detecting existence of bacteria, and generating a charge according to detection of bacteria an electric storage part storing the charge generated by the bacteria detection part, and supplying the stored charge if a preset condition is satisfied and a sterilization part operating by the charge supplied from the electric storage part, and sterilizing bacteria existing inside the water treatment device.COPYRIGHT KIPO 2016미생물 연료전지를 적용한 세균 감지 및 살균 가능한 복합형 시스템 및 이의 동작 방법이 개시된다. 상기 미생물 연료전지를 적용한 세균 감지 및 살균 가능한 복합형 시스템은, 수처리 기기 내에 구비되어 세균의 존재 여부를 감지하고, 세균을 감지함에 따라 전하를 발생시키는 세균 감지부 상기 세균 감지부에 의해 발생된 전하를 축전하고, 기 설정된 조건이 만족하는 경우 축전된 전하를 공급하는 축전부 및 상기 축전부로부터 공급된 전하에 의해 구동되어 상기 수처리 기기 내에 존재하는 세균을 살균하는 살균부를 포함하여 구성될 수 있다.