本发明公开了一种基于Zmend1a基因调节水稻籽粒大小和淀粉含量的方法,所述Zmend1a基因为核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的DNA分子,所述方法为:构建Zmend1a基因过量表达载体,并将过量表达载体导入目的水稻基因组中,得到籽粒直链淀粉含量以及直链淀粉/总淀粉比例均低于目的水稻的Zmend1a基因过量表达植株。该方法利用Zmend1a基因对植物籽粒淀粉合成相关基因的负调控作用,通过基因工程的方法改变水稻籽粒中直链淀粉含量和直链淀粉/总淀粉比例,获得具有高支链淀粉的转基因水稻新品种,对利用基因工程技术开发具有特定功能的转基因水稻新品种具有重要的实践意义。