本发明公开了一种基于ZmMIKC2a基因调节水稻籽粒淀粉含量的方法,所述ZmMIKC2a基因为核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的DNA分子,所述方法为:构建ZmMIKC2a基因过量表达载体,并将过量表达载体导入目的水稻基因组中,得到籽粒直链淀粉含量以及直链淀粉/总淀粉比例均高于目的水稻的ZmMIKC2a基因过量表达植株。该方法利用ZmMIKC2a基因对植物籽粒淀粉合成相关基因的正调控作用,通过基因工程的方法改变水稻籽粒中直链淀粉含量和直链淀粉/总淀粉比例,获得具有高直链淀粉的转基因水稻新品种,对利用基因工程技术开发具有特定功能的转基因水稻新品种具有重要的实践意义。