The present invention relates to functional probiotics having a zinc-containing coating layer and a preparing method thereof, which are to solve a technical imitation for non-uniform mixing of a zinc component and probiotics, to solve a microbial damage problem caused by a contact with zinc, and to simplify a process of forming a zinc-containing coating layer on a probiotic surface. The preparing method of the present invention comprises the steps of: forming a probiotic dispersion; forming a mixed solution by mixing the probiotic dispersion with a zinc-containing composition coating solution including a zinc-containing raw material; adding a pH controller to the mixed solution to adsorb the zinc-containing raw material to a probiotic surface; separating probiotics adsorbed with the zinc-containing raw material from the mixed solution; and preparing functional probiotics having a zinc-containing coating layer formed on the probiotic surface by freeze-drying the separated probiotics adsorbed with the zinc-containing raw material.본 발명은 아연 함유 코팅층을 갖는 기능성 프로바이오틱스 및 그의 제조 방법에 관한 것으로, 아연 성분과 프로바이오틱스의 불균일한 혼합에 대한 기술적 한계점을 해소하고, 아연과의 접촉에 의한 미생물 손상 문제를 해소하고, 프로바이오틱스 표면에 아연 함유 코팅층을 형성하는 공정을 간소화 하기 위한 것이다. 본 발명은 프로바이오틱스 분산액을 형성하는 단계; 프로바이오틱스 분산액에 아연 함유 원료를 포함하는 아연 함유 조성물 코팅액을 혼합하여 혼합액을 형성하는 단계; 혼합액에 pH 조절제를 첨가하여 프로바이오틱스 표면에 아연 함유 원료를 흡착시키는 단계; 혼합액에서 아연 함유 원료가 흡착된 프로바이오틱스를 분리하는 단계; 및 분리한 아연 함유 원료가 흡착된 프로바이오틱스를 동결건조하여 프로바이오틱스 표면에 아연 함유 코팅층이 형성된 기능성 프로바이오틱스를 제조하는 단계;를 포함하는 아연 함유 코팅층을 갖는 기능성 프로바이오틱스 제조 방법을 제공한다.