The invention relates to a reefer container (1) having a controlled atmosphere system (3) comprising: - a first selective unit (4) comprising an absorber or a membrane (9) being selective for carbon dioxide over oxygen and nitrogen； - a second selective unit (11) comprising an absorber or a membrane (14) being selective for oxygen over nitrogen；and - a vacuum pump (6) for extracting and removing separated gasses from a permeate side (8, 13) of the first and second selective units (4, 11) to outside the container(1), where the system (3) is further comprising a pump (15) for providing an overpressure in the container(1).The pump (15) can be connected to the container (1) through a feed side (12) of the second selective unit (11). The invention further relates to a method of controlling reefer container (1) having a controlled atmosphere system (3).L'invention concerne un conteneur frigorifique (1) ayant un système à atmosphère contrôlée (3) comprenant : - une première unité sélective (4) comprenant un absorbeur ou une membrane (9) étant sélective pour le dioxyde de carbone sur l'oxygène et l'azote； - une seconde unité sélective (11) comprenant un absorbeur ou une membrane (14) étant sélective pour l'oxygène sur l'azote； et - une pompe à vide (6) pour extraire et éliminer des gaz séparés d'un côté perméat (8, 13) des première et seconde unités sélectives (4, 11) vers l'extérieur du conteneur (1), le système (3) comprenant en outre une pompe (15) pour fournir une surpression dans le conteneur (1). La pompe (15) peut être reliée au conteneur (1) par l'intermédiaire d'un côté d'alimentation (12) de la seconde unité sélective (11). L'invention concerne en outre un procédé de commande d'un conteneur frigorifique (1) ayant un système à atmosphère contrôlée (3).
