The present invention relates to a system for aiding in the positioning of a medical instrument on the head of a patient, characterized in that it includes a means for predicting the location of a target intracranial area of the medical instrument, comprising: a generic three-dimensional model of a head comprising a skin and a generic target intracranial area (104), a three-dimensional working image of the skin of the head of the patient, surface registration means (46) suitable for establishing a resetting transfer from the skin of the generic model toward the working image of the skin of the head of the patient, a means (48) for resampling the generic target intracranial area into a target area converted in accordance with the resetting transfer, and a means for locating the target intracranial area of the patient from the locating of the converted target area, thereby enabling the positioning of the medical instrument on the head of the patient.La présente invention concerne un système daide au positionnement dun outil médical sur la tête dun sujet, caractérisé en ce quil comprend des moyens de prédiction de la localisation dune zone intracrânienne cible de loutil médical comportant : un modèle tridimensionnel générique dune tête comportant une peau et une zone intracrânienne cible générique (104), une image tridimensionnelle de travail de la peau de la tête du sujet, des moyens de recalage surfacique (46) adaptés pour établir une transformation de recalage de la peau du modèle générique vers limage de travail de la peau de la tête du sujet, des moyens de rééchantillonnage (48) de la zone intracrânienne générique cible en une zone cible convertie selon la transformation de recalage, et des moyens de localisation de la zone intracrânienne cible du sujet à partir de la localisation de la zone cible convertie permettant de positionner loutil médical sur la tête du sujet.