本发明涉及水稻育种技术领域,具体涉及一种雄性不育基因OsNIN5及其应用和育性恢复的方法;所述的雄性不育基因OsNIN5的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述的应用是:采用常规方法或基于CRISPR/Cas9系统,敲除、改变或抑制OsNIN5基因,使得常规水稻品种中的OsNIN5基因表达水平降低,进而获得水稻雄性不育株系。本发明通过引物扩增OsNIN5基因,使用遗传转化的手段,能够使突变体恢复到野生型表型。本发明获得的水稻Osnin5不育系营养生长阶段没有明显异常,在长光高温条件下完全不育,可应用于杂交育种,在海南省生长(短日低温)部分可育,繁种简易,在农业生产上具有重要的应用。