本发明公开了一种玉米RNA聚合酶III识别的启动子及其应用。本发明的启动子ZmPolⅢca99是下述a)或b)或c)的DNA片段:a)SEQ ID No.1所示的DNA分子;b)与a)限定的DNA序列具有75%或75%以上同一性,且具有启动子功能的DNA分子;c)在严格条件下与a)或b)限定的DNA序列杂交,且具有启动子功能的DNA分子。本发明的启动子ZmPolⅢca99是可以启动sgRNA编码基因转录的启动子,是RNA聚合酶III识别的启动子(RNA聚合酶III启动子),能够参与CRISPR/Cas9系统的基因组编辑,在植物育种中具有重要的意义。