本发明公开了一种在体外基于原子力显微镜(atomic force microscope,AFM)分析启动子与RNA聚合酶间交互作用的方法。首先将抛光的单晶硅片进行羟基化处理,硅烷化处理,再经戊二醛将RNA聚合酶固定。在AFM金镀层探针上以自组装单分子层(Self‑assembled monolayers,SAMs)的形式获得启动子修饰的AFM探针;通过AFM力谱技术,控制AFM探针与基底表面靠近,停留并且最终分开,从而记录能够反映启动子与RNA聚合酶会特异性结合的力‑距离曲线,进而获得RNA聚合酶与启动子的结合‑解离过程中的生物物理学参数。