Die Erfindung betrifft ein Verfahren zum Aufbereiten von chirurgischen Instrumenten, insbesondere Endoskopen, mittels eines Aufbereitungsfluids. Außerdem betrifft die Erfindung eine Einrichtung (16) zum Aufbereiten von chirurgischen Instrumenten, insbesondere Endoskopen, mit einem Fluidbehälter (13) für ein Aufbereitungsfluid (10) und einem Aufbereitungsgerät (12), wobei das Aufbereitungsgerät (12) einen Aufbereitungsraum (11) aufweist, in dem wenigstens ein chirurgisches Instrument zur Aufbereitung einbringbar ist oder eingebracht ist, wobei der Fluidbehälter (13) und der Aufbereitungsraum (11) des Aufbereitungsgeräts (12) räumlich getrennt sind. Die Erfindung zeichnet sich dadurch aus, dass vor der Aufbereitung des chirurgischen Instruments mittels des Aufbereitungsfluids (10) das Aufbereitungsfluid (10) in einem von einem Aufbereitungsraum (11) eines Aufbereitungsgeräts (12) getrennten Fluidbehältern (13) mit Mikrowellenstrahlung (14) beaufschlagt wird.The invention relates to a method for processing surgical instruments, in particular endoscopes, by means of a treatment fluid. In addition, the invention relates to a device (16) for processing surgical instruments, in particular endoscopes, with a fluid container (13) for a treatment fluid (10) and a treatment device (12), wherein the treatment device (12) has a treatment space (11), in which at least one surgical instrument for preparation can be introduced or is introduced, wherein the fluid container (13) and the processing space (11) of the preparation device (12) are spatially separated. The invention is characterized in that prior to the preparation of the surgical instrument by means of the treatment fluid (10), the treatment fluid (10) is exposed to microwave radiation (14) in a fluid container (13) separated from a treatment space (11) of a treatment device (12) ,