The present invention relates to a composition for preventing and treating inflammatory diseases. The composition includes a hydrolyzate of whey proteins prepared by using the alkaline protease derived from SerratiamarcescensS3-R1. The hydrolyzate of the whey proteins, which is selected to have the molecular weight of 3kDa or less, has inflammation inhibition effects in particular. Accordingly, the composition can be used to treat various diseases such as Allergic diseases, inflammatory bowel disease, systemic lupus erythematosus, inflammatory collagen vascular diseases, glomerulonephritis, inflammatory skin diseases, sarcoidosis, retinitis, gastritis, hepatitis, enteritis, arthritis, tonsillitis, pharyngitis, bronchitis, pneumonia, pancreatitis, and sepsis.본 발명은 세라티아 마르세센스 S3-R1(Serratiamarcescens S3-R1) 유래 알칼리 단백분해효소를 이용한 유청 단백질의 가수분해물을 함유하는 염증 질환의 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것으로서, 상기 유청 단백질의 가수분해물 중 분자량 3kDa 이하인 것을 선택적으로 추출한 가수분해물이 특히 염증 억제 효과가 우수하여, 알레르기성 질환, 염증성 장질환, 전신성 홍반성 낭창, 염증성 콜라겐 혈관 질환, 사구체신염, 염증성 피부 질환, 유육종증, 망막염, 위염, 간염, 장염, 관절염, 편도선염, 인후염, 기관지염, 폐렴, 췌장염, 패혈증, 신장염 등과 같은 각종 질환의 치료제로 유용하게 이용될 수 있다.