本发明公开了一个梨质子泵基因PbrVHA‑c4及其在调控果肉柠檬酸含量中的应用,属于植物基因工程技术领域。所述的梨质子泵编码基因PbrVHA‑c4具有如序列表SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列;其编码的氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO:2所示。本发明从砀山酥梨中克隆得到一个新的VHA‑c4基因PbrVHA‑c4,利用农杆菌介导的遗传转化方法将该基因转化番茄,获得的转基因番茄果实中柠檬酸的含量明显增加,经生物学功能验证,表明本发明克隆的PbrVHA‑c4基因具有调控果实果肉柠檬酸含量的功能。本发明所述的梨质子泵编码基因PbrVHA‑c4可在果实酸度性状改良或构建高酸转基因果实中应用。