Disclosed are systems and methods for measuring the amount of bacteria in a target and for tracking changes in the amount of bacteria in a target over time. The autofluorescence detection and collection device is such that at least a portion of the target and the surrounding area of the target are directly irradiated with excitation light that causes at least one biomarker in the target to be illuminated to fluoresce It includes a configured light source. Bacterial autofluorescence data is collected and analyzed for the portion of the target irradiation target and the surrounding area of the target, and the amount of bacteria in the portion of the target irradiation target and the surrounding area of the target is measured. The autofluorescence data can be analyzed using pixel intensity. Changes in target bacterial load over time can be tracked. The target can be a wound in the tissue.標的における細菌量を測定するため、および標的の細菌量の経時的な変化を追跡するためのシステムおよび方法を開示する。自己蛍光の検出および収集デバイスは、標的の少なくとも一部分および該標的の周囲領域に、照射対象の該標的内の少なくとも1種類のバイオマーカーが蛍光を発することを引き起こす励起光が直接照射されるように構成された光源を含むものである。標的の照射対象の該一部分および該標的の該周囲領域に関する細菌の自己蛍光データが収集されて解析され、標的の照射対象の該一部分および該標的の該周囲領域の細菌量が測定される。該自己蛍光データはピクセル強度を用いて解析され得る。標的の細菌量の経時的な変化は追跡され得る。標的は組織内の創傷部であり得る。