A medical imaging system and a control device capable of preventing the influence of a jitter component included in a clock signal are provided. The control device 5 includes a changing unit 513 for setting the frequency of the clock signal generated by the generating unit 512 to a frequency corresponding to the identification result identified by the identifying unit 511 and outputting the same, and a changing unit 513 for changing the frequency An insulation transmission unit 53 that insulates the signal from the generation unit 512 and transmits the signal, and an insulation transmission unit 53 that is provided in the subsequent stage of the insulation transmission unit 53 as viewed from the generation unit 512 and included in the clock signal transmitted from the insulation transmission unit 53 And a removing unit 522 for removing a jitter component.クロック信号に含まれるジッタ成分の影響を防止することができる医療撮像システムおよび制御装置を提供する。制御装置5は、生成部512が生成したクロック信号の周波数を、識別部511が識別した識別結果に応じた周波数に設定して出力する変更部513と、変更部513によって周波数が設定されたクロック信号を、生成部512から絶縁して伝送する絶縁伝送部53と、生成部512から見て絶縁伝送部53の後段側に設けられてなり、絶縁伝送部53から伝送されたクロック信号に含まれるジッタ成分を除去する除去部522と、を備える。
