The present invention relates to methods for treatment and/or prevention of acute as well as chronic graft-versus-host-disease (GVHD), and in particular to methods for decreasing mortality and increasing especially long term survival; acute complications associated with GVHD such as diarrhoea, weight loss and sepsis based on normalization of gut, liver, lung and skin microbiota and mucosal defense; rebalance of the immune system with normalization of cytokine production of IFN-γ, TNF-α, 11-4, IL- 5, IL-6, IL-8, IL-9, IL-10 and IL-13 and prevention and/or treatment of cytokine storm; chronic complications associated with GVHD such as bronchiolitis obliterans and scleroderma, the method comprising oral, subcutaneous, intrapulmonary and/or dermal/transdermal administration of one or more mammalian defensins selected from the group of α- and β-defensins in a patient that has or is about to receive an allogeneic hematopoietic stem cell transplantation.La présente invention concerne des procédés de traitement et/ou de prévention d'une réaction aiguë et chronique du greffon contre l'hôte (GVHD), et en particulier des procédés de réduction de la mortalité et d'augmentation de la survie en particulier à long terme ; des complications aiguës associées à la GVHD, telles que la diarrhée, la perte de poids et la sepsie en se basant sur la normalisation du microbiote de l'intestin, du foie, du poumon et de la peau et la défense des muqueuses ; le rééquilibrage du système immunitaire avec la normalisation de la production de cytokine des IFN-γ, TNF-α, 11-4, IL- 5, IL-6, IL-8, IL-9, IL-10 et IL-13 et la prévention et/ou le traitement du choc cytokinique ; des complications chroniques associées à la GVHD, telles que la bronchiolite oblitérante et la sclérodermie, le procédé comprenant l'administration orale, sous-cutanée, intrapulmonaire et/ou dermique/transdermique d'une ou plusieurs défensines de mammifère sélectionnées dans le groupe des α- et β-défensines chez un patient qui a o