本发明是一种基因重组毕赤酵母生产耐高温木聚糖酶的方法。本发明是从黑曲霉(Aspergillus niger var niger strain N402)中分离出木聚糖酶基因,在真核表达系统毕赤酵母中高效表达。使用了黑曲霉Aspergillus niger var niger strain N402木聚糖酶基因,采用了毕赤酵母表达载体PGAP Z alpha A和宿主菌株巴斯德毕赤氏酵母(Pichia pastoris)SMD1168、GS115,所构建的基因工程酵母具有生产耐高温木聚糖酶的能力,所构建的基因工程酵母除具有宿主菌株SMD1168和GS115的形态、遗传和生理生化特征外,还包含黑曲霉Aspergillus niger var nigerstrain N402木聚糖酶基因,具有生产耐高温木聚糖酶的能力。本发明中基因重组毕赤酵母生产的耐高温木聚糖酶具有极好的耐热特性,在100℃条件下加热处理5分钟后,仍具有65%的残余酶活,而且其最适作用温度范围为37~50℃,在动物的胃中能较好的发挥催化作用,本发明所生产的耐高温木聚糖酶特别适合应用于饲料工业。