The present invention provides new and improved methods for performing in situ transcriptomics from rare "cells of interest" present in complex multicellular environments.These methods involve expressing a recombinant cytosine deaminase enzyme in the cells of interest, and also supplying an exogenous non-naturally occurring halogenated cytosine substrate for the enzyme - which results in the generation halogenated uridine which is incorporated into RNA, thereby "tagging" RNA in the cells of interest. The invention also provides several variations of such methods that significantly improve the sensitivity and specificity of the RNA labeling. Furthermore, the invention also provides simple and efficient methods for purifying the tagged RNA. The purified tagged RNA can be used to analyze the transcriptomes of the cells of interest by RNA-sequencing and other methods.La présente invention concerne des méthodes nouvelles et améliorées permettant de réaliser des études transcriptomiques in situ à partir de "cellules d'intérêt" rares présentes dans des environnements multicellulaires complexes. Ces méthodes font intervenir l'expression dans les cellules d'intérêt d'une enzyme cytosine désaminase recombinante, ainsi que l'apport d'un substrat non naturel pour l'enzyme, consistant en une cytosine halogénée exogène, ceci conduisant à la génération d'uridine halogénée qui est incorporée dans l'ARN, "marquant" ainsi l'ARN dans les cellules d'intérêt. L'invention concerne également plusieurs variantes de telles méthodes qui améliorent significativement la sensibilité et la spécificité du marquage de l'ARN. De plus, l'invention concerne également des méthodes simples et efficaces de purification de l'ARN marqué. L'ARN marqué purifié peut être utilisé pour analyser les transcriptomes des cellules d'intérêt par séquençage d'ARN, et autres méthodes.
