In the brain current simulation method, the first step of providing head image data including at least a part of the brain among the tomographic image data of the patient; the brain is composed of the head image data provided in the first step. A second step of forming a three-dimensional brain model composed of each micropolyhedral unit obtained by dividing at least one region into microelements; placing a coil on a patient's head and applying a current to the coil Among the conditions when magnetic stimulation is applied to the patient's brain and the patient's response to the magnetic stimulation is observed, at least the position and orientation of the coil, the current applied to the coil, and the magnetic field generated by the coil A third step of providing first information including a structural condition related to the eddy current or an electric field induced in each micropolyhedral unit of the three-dimensional brain model in the third step First information, and a fourth step of calculating, based on the second information including the conductivity allocated per minute polyhedral units.脳内電流シミュレーション方法は,患者の断層画像データのうち少なくとも脳の一部を含む頭部画像データを提供する第1の工程;第1の工程で提供された頭部画像データのうち脳を構成している少なくとも1つの領域を微小要素に分割したそれぞれの微小多面体単位からなる3次元脳モデルを形成する第2の工程;患者の頭部上にコイルを配置し,コイルに電流を印加することによって患者の脳に磁気刺激を与え,磁気刺激に対する患者の反応が観察されたときの条件のうち,少なくともコイルの位置及び向きの条件と,コイルに印加された電流の条件と,コイルの生成磁界に関わる構造の条件と,を含む第1の情報を提供する第3の工程;3次元脳モデルのそれぞれの微小多面体単位内に誘導される渦電流又は電界を,第3の工程で提供された第1の情報,及び微小多面体単位ごとに割り付けられた導電率を含む第2の情報に基づいて計算する第4の工程を含む。