The current invention relates to methods of targeted genetic alteration in cells, preferably plant cells, as well as to plant cells and plants thus obtained using at least a fusion protein comprising a site-specific nuclease domain and a deaminase domain, or a construct encoding the same. The method also provides for a composition and a kit comprising a combination of a first fusion protein comprising a cytosine deaminase domain and a second fusion protein comprising an adenine deaminase domain, preferably for use in the method of the invention. The method provides for targeted alteration of a DNA duplex in plant cells with increased efficacy.La présente invention concerne des procédés de modification génétique ciblée dans des cellules, de préférence des cellules végétales, ainsi que des cellules végétales et des plantes ainsi obtenues en utilisant au moins une protéine de fusion comprenant un domaine nucléase spécifique au site et un domaine désaminase, ou une construction codant pour ce dernier. Le procédé concerne également une composition et un kit comprenant une combinaison d'une première protéine de fusion comprenant un domaine cytosine désaminase et une seconde protéine de fusion comprenant un domaine adénine désaminase, destinés à être utilisés de préférence dans le procédé de l'invention. Le procédé fournit la modification ciblée d'un duplex d'ADN dans des cellules végétales avec une efficacité accrue.