A system and method of treating water systems with amoebas produced on-site to reduce biological contaminants, such as algae, bacteria and biofilms, without requiring the use of, or reducing the amount of, chemical treatments that produce harmful by-products. The system and method comprise generating an amoeba treatment solution using an on-site biogenerator and discharging the treatment solution in the water system at predetermined discharge intervals. The operating parameters of the biogenerator are monitored and controlled to maintain one or more operating conditions, such as dissolved gas levels, temperature, or pH inside a growth tank within desired ranges. An amount of amoeba starter material sufficient to supply the biogenerator for a prolonged treatment cycle, such as 30 days, is provided and stored in a temperature controlled environment near the biogenerator to maintain the viability of the amoebas prior to generating each dose of treatment solution.Linvention concerne un système et un procédé permettant de traiter les systèmes aquatiques avec des amibes produites sur site pour réduire les contaminants biologiques, par exemple les algues, les bactéries et les biofilms, sans avoir besoin dutiliser des traitements chimiques générant des sous-produits nocifs, ou sans réduire la quantité de ceux-ci. Le système et le procédé consistent à générer une solution de traitement à base damibes en utilisant un biogénérateur sur site et en déversant la solution de traitement dans le système aquatique à des intervalles de décharge prédéterminés. Les paramètres de fonctionnement du biogénérateur sont surveillés et contrôlés de manière à maintenir une ou plusieurs conditions de fonctionnement, par exemple les niveaux de gaz dissous, le pH, la température ou le pH dans un réservoir de culture, dans des plages souhaitées. Une quantité de matière à base damibes suffisante pour alimenter le biogénérateur pendant un cycle de traitement prolongé, par exemple 30 jours, est apport
