本发明公开了一种奶山羊ADFP基因的单核苷酸多态性及其检测和应用,其基因多态性包括:在奶山羊的ADFP基因序列表SEQ ID No.1第78位为A或C的碱基多态性。上述奶山羊ADFP基因的单核苷酸多态性为:以包含ADFP基因的待测奶山羊全基因组DNA为模板,以引物对P为引物,PCR扩增奶山羊ADFP基因后进行多态性的检测。RFLP多态性与产奶量关联分析证实:EcoRI多态位点与羊奶中的脂肪含量之间有显著相关,基因型为AA的个体产奶量显著高于基因型为AC和CC个体的。本发明可以用于奶山羊的辅助选择和分子育种,对提高奶山羊奶中的脂肪含量具有重要的作用。