本发明属于生物工程技术领域,具体涉及一种来源于嗜温细菌ZW2531-1的嗜温多功能淀粉酶基因、由该基因重组载体在原核宿主中表达的嗜温多功能淀粉酶,以及该嗜温多功能淀粉酶在食品工业、医药工业、淀粉加工业等领域中的广泛应用。本发明所提供的嗜温多功能淀粉酶可作用淀粉直接生成异麦芽低聚糖和麦芽低聚糖,但不产生葡萄糖。本发明所提供的嗜温多功能淀粉酶基因具有SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列或其部分序列、或与它们至少99%同源的核苷酸序列,嗜温多功能淀粉酶具有SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列或其部分序列、或与它们至少99%同源的氨基酸序列。